Durante el periodo de Mario Zapata al frente de la AUTAMUADY, en revisión contractual se modificaron varias cláusulas, que condenaron a las generaciones venideras sindicalizadas (que son las que menos salario perciben en la UADY) a pagar el 10% de su salario para un fondo de jubilación, al pago de impuestos sobre sus ingresos, reducción de prestaciones tales como el aguinaldo, vacaciones, y un largo etc. Esto ocurrió en su último periodo como secretario general y, coincidentemente después de su gestión (y de estos cambios), se incorpora como Jefe de personal, siendo ésta una categoría de “Personal de confianza”, por lo cual renuncia al sindicato e incrementa sustancialmente su salario.